モンゴルの元王朝は、開祖のチンギス・ハンと５代目の世祖フビライの時に、中国全土からヨーロッパにまで渡る空前絶後の大帝国を形成したが、その支配は長く続くものではなかった。フビライ以降の元の皇帝には、名君と呼べるほどの者は一人もいなかった。末期には、権勢のある大臣が皇帝の生殺与奪を一手に握るようになっていた。またモンゴル人は、いわゆる中国人である漢人、特に最後まで抵抗した南方の漢人を虐待し、科挙の試験でも南方の漢人だけひどく不利な条件で科挙を受けさせられた。だから、この時代では漢人の役人は非常に少ない。
明王朝は、宋朝以来の漢民族国家であった。創始者は名を朱元璋といい、貧農の家に生まれたが大飢饉により家族を失い、乞食同然の暮らしをしていた。時代はちょうど元朝の無能や飢饉により、塩の密売人であった方国珍の乱を先駆けとして次々と反乱が起こっている時代であった。朱元璋はこのとき軍閥の１つである郭子興の配下となり、その勇猛さと知能を郭子興に買われてその娘婿となっている。後に朱元璋と天下を争うことになったのは陳友諒と張士誠の二人で、陳友諒は海賊の出身で張士誠は方国珍と同様に、塩の密売をしていた。当時、塩は政府の専売となっていて、政府はこれを目の玉が飛び出るほどの高値で人民に売り付けていた。あまりの高値に人々は誰も政府の販売する塩を購入しようとせず、私塩の密売人は人々から英雄のように慕われた。密売人がどんなに塩の値段を上げても、政府の販売する塩の値段よりはましという有様だった。
朱元璋ら民間の群雄の前に、疲弊した元朝はあっさりと打ち負かされた。この頃の元朝は、反乱軍が各地に無数に蜂起しているのを知りながら、なおも権力争いに終始していたのである。そして朱元璋は、劉基、徐達といった人材の力を使いこなし、ライバルの陳友諒や張士誠を打ち負かして明王朝をつくりあげた。ここで名を挙げた朱元璋の軍師である劉基という人物は占術の達人としても名高く、『劉伯温讖』という一種の予言書を書いていたりもする。伯温とは、この劉基の字である。
道教史としては、この明王朝の時代は暗い時代だった。明の太祖となった朱元璋は即位してすぐに道教を統制する玄教院を設置し、すべての道教教団と名のつくものや道士を統制し、出家した道士の免許である度牒をこの玄教院のみから支給して道士の自由出家を防ぐことにした。というのも、この頃の道教の道士には、税や労役を免れるために出家したならず者同然の者が増加していて、彼らは労働せずにうまい物を食べ、清潔な衣服を着用して大いに国家の害となっていたのだ。
それだけならば、明朝のとった政策は当然といえるし、戒律の弛んだ道教にはむしろよい薬だとも言えるだろう。だが、一方で明朝が財政難の対策として度牒の金による販売を行っていたことが、この時代の道教をどうしようもなく救いのないものにしていた。
当時あった主な道教教団は、正一教（天師道）と全真教であった。このうち正一教には明から任命された道官が赴任しているが、全真教にはそうした者が存在しない。このことは、当時の明朝と全真教との関係が希薄であったことを示す。また、明の世宗皇帝の時には正一教の道士陶仲文が皇帝の圧倒的な信任を受け、一人で少傅・少師・少保という最高の役職に着いて位人身をきわめている。この陶仲文に続いて何人かの道士が世宗のもとに集まったが、彼らの多くはインチキだったという。
時代としても明の頃は、東廠や錦衣衛といった秘密警察が幅をきかせていたり、科挙の試験が八股文という形式主義的な方法をとるようになったために柔軟な思考能力をもつ人材が集まらなくなったりと、「明」というわりに明るくない時期だった。
明にとってかわった王朝は満州族の清だが、明を倒したのは清ではなく、李自成の率いる農民反乱軍だった。この頃の明の皇帝であった崇禎帝は満州族の台頭に危機感を持ち、たびたび軍隊を動員していたが、農民たちの苦しみにはあまり注意が向いていず、崇禎帝の軍隊動員令によって大勢の農民が食糧困難に陥っていた。明朝の圧迫と飢餓に堪えかねた農民たちは、高迎祥や李自成といった大頭目を先頭に次々と造反し、いっせいに明に反抗した。これに呼応して北方の清も大挙して明の都である北京を攻め、崇禎帝は最後には自ら首をくくって自害した。
清の頃の道教は、どの流派も形骸化が進んで活発さが失われていた。正一教は明代と同様に朝廷と関係があったが、朝廷の扱いは時代が下るごとにどんどん雑になっていき、もともとは皇帝が正一教の天師を謁見していたのが、アヘン戦争が起きた頃には朝廷に参内することすら許されないようになっていた。清ともなると、世界はすでに近代化の道をたどっている。ヨーロッパにおけるキリスト教などは、時代の変化に従って教団内の改革を行っているが、道教はそれをまったく怠っていた。皇帝から信頼を失ったのも、当然の帰結だと言える。
清末には、気鋭の学生たちによる五・四運動が起こり、伝統的な封建国家の末裔たる清王朝は、その存在意義を真っ向から問われていくことになる。西太后などを中心とする清朝の保守派はもっぱら武力でもって孫文らの革新派を排除しようと謀ったが、同様にして革新派の弾劾を受けた道教は、すでに抵抗する術を失っていた。